2205年，歷史修正主義者主張改變歷史，派出時間溯行軍對過去展開攻擊。為了與之對抗，肩負歷史守護責任的「審神者」喚醒從前的刀劍，將之化為人形，人稱之為「刀劍男士」。此時，歷史修正主義者盯上織田信長遭叛變的本能寺之變，所幸被刀劍男士們順利阻止，沒想到卻接獲「織田信長生還」的消息…